Clima
El clima de la comarca de Begonte es "subcontinental húmedo dentro del macroclima oceánico de Galicia". El clima begontino se pode juzgar de templado medio, con inviernos moderados y veranos sin rigores. Es un clima que podríamos denominar "humano", en el que la vida se desarrolla en las mejores condiciones climatológicas y sociales.
La mayor parte del terreno del ayuntamiento es apto para la agricultura, siendo la capacidad de producción del suelo de tipo medio. Hace falta utilizar fertilizantes químicos para corregir la acidez y la escasez de algunos elementos, y orgánicos para reposición de materia consumida por los cultivos.
La llanura del terreno favorece la mecanización del trabajo en la tierra, y la agricultura y la ganadería siguen siendo la fuente de ingresos más importante del ayuntamiento, con el necesario y paulatino trasvase a la industria y servicios.
Ríos
Los ríos Parga y Ladra riegan y cruzan el territorio begontino. Se juntan en Pacios, y van a desembocar en el Río Miño, ya en el Ayuntamiento de Outeiro de Rei. El Río Miño separa Begonte del territorio de Outeiro de Rei y el Támoga del de Cospeito. La confluencia del Támoga con el Miño forma la isla de San Roque en el punto donde limitan los ayuntamientos de Begonte, Outeiro de Rei y Cospeito.
Mención especial merecen las Lagunas do Ollo y Riocaldo, a las que hay que añadir las originadas por la extracción de áridos en las cercanías de la de Riocaldo.
Las lagunas tienen un excelente futuro con una doble vertiente: la observación y potenciación de la naturaleza, desde el punto de vista medioambiental y una racional explotación turística que contemple su singularidad.
Red Natura 2000
Begonte está incluido entre los ayuntamientos considerados lugares privilegiados de la Red Natura 2000, y así una zona de su territorio forma parte del L.I.C. (Lugar de Importancia Comunitaria) Parga-Ladra-Támoga, que comprende las riberas de los ríos Parga, Ladra, Támoga y Miño, y las lagunas de Riocaldo.