Begonte, según Vidán Torreira, debe su nombre a los legionarios romanos de la tribu de los Vocontii, de la cuenca del Ródano. Como POGONTI aparece mencionado el año 666 en la Itación de Wamba, como BOCONTI en respectivos documentos de los años 966 y 971, y como BOGUNTI en 1137 y 1187. Nicandro Aires, que estudió el origen del nombre, considera que VOCONTII puede también significar "Veinte" o "Los veinte", que podría corresponder a los aproximadamente veinte kilómetros de distancia a la capital lucense.
Hay huellas de vida en esta tierra desde unos 3.500 años A.C., del paso de las gentes de Roma. Los Baamonde y los Saavedra dieron nombre a dos parroquias del ayuntamiento, aunque el paso de los siglos hizo desaparecer la casa-fortaleza de Baamonde y el castillo de Saavedra. Un Rey, Bermudo II, pernoctó en Saavedra cuando vino a conquistar el castillo de Aguiar. Otro, Afonso V, vino a dictar sentencia familiar. Aquí los irmandiños lucharon y perdieron.
A comienzos del siglo XIX los franceses invadieron la comarca, y dos nombres - FRANCÉS en Santa Marina de Rábade y FRANCESA en Begonte - guardan memoria de aquella presencia.
Begonte fue privilegiado en comunicaciones desde siempre. La carretera Madrid - A Coruña se inauguró ya en 1773. La de Vilalba sustituía al antiguo Camino Real que desde el puente de Rábade cruzaba este ayuntamiento.
El ferrocarril tardaría en conseguirse para la capital del ayuntamiento. Había llegado a Rábade en 1885. Ya en 1874 Begonte había solicitado un apeadero. Pero no llegaría a tener estación de ferrocarril hasta junio de 1941, cuando el primer tren paró en Begonte.
El Ayuntamiento de Begonte nace en 1842, siendo su primer alcalde don Ramón Losada y Montenegro. En 1924, Rábade (que pertenecía a Begonte) se independizó como entidad local menor, consiguiendo ser ayuntamiento en 1925.